染色質免疫沉淀（ChIP）被用于檢測細胞核天然染色質結構內的蛋白質與DNA之間的相互作用。傳統的ChIP實驗首先需要將細胞固定，這使得蛋白質與DNA相互作用交聯固定到位。然后利用酶或者超聲的方法將染色質打斷為片段，使用抗體對感興趣的蛋白質以及與其結合的DNA進行免疫沉淀。最后解交聯，對沉淀DNA進行純化。純化的DNA可進行進一步分析，如標準或定量PCR或測序。實驗對染色質的完整性、抗原表位的穩定性以及免疫沉淀抗體的特異性較為敏感。這些變量在所研究的蛋白質與DNA相互作用具有較低的豐度和穩定性時變得更為關鍵。
ChIP實驗可以主要包括以下幾個步驟：
交聯固定→染色質剪切→免疫沉淀→DNA純化→DNA檢測研究方向：
豬脂肪細胞chip實驗
實驗步驟：
1．準備充足的細胞或組織，一般情況下，細胞量不少于 10》6，組織樣品量在 20~30 mg。ChIP 富集的 DNA 片段少常由起始樣本量低及后續反應溶液對樣本的過度稀釋所造成。其次，在交聯反應過程中，通常使用 1% 的甲醛固定細胞 10 分鐘左右（過長的交聯反應時間會使細胞形成大的交聯聚合物，后續難以超聲破碎）。
2．細胞用 1% 甲醛固定 10 分鐘， 300 μl 樣品用小美非接觸超聲儀 80% 的功率超聲 20 秒間歇 40 秒，分別超聲 20組、純化后在 1% 的瓊脂糖膠上電泳。ChIP 實驗一般要求染色質片段在 200～100 bp 之間（如圖）
3.超聲處理優化過程
非接觸超聲過程中冰浴間歇的步驟很重要。因為超聲脈沖會引起微環境的急劇升溫，進而引起蛋白質的破壞/降解，影響后續的免疫沉淀反應
實驗效果：
使用非接觸聚能超聲打斷儀對脂肪細胞破碎前后效果圖
實驗解決的問題：
1、儀器多通道相對于手工單通道超聲工作時更省力方便，實驗更安全；
2、控溫制冷對樣品保護好，提取出的成分在數量和質量上比手工超聲均質效果更好；
3、適用非接觸聚能超聲打斷儀不會出現交叉感染，實驗更省心
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